في مارس 2020، حين اجتاح فيروس كورونا العالم وأُغلقت الأبواب أمامه، كان لهيئة الحشد الشعبي الدور البارز في دعم المؤسسات الصحية في العراق. فقد سخرت جميع إمكانياتها اللوجستية والطبية والإعلامية للمساهمة في حملات التعقيم ودفن ضحايا الفيروس.
شكلت الهيئة فرقًا ميدانية في مختلف المحافظات لتعقيم المؤسسات الحكومية، ودور الأيتام، ومراكز رعاية كبار السن، والسجون، ومراكز الشرطة، ومحطات الوقود، والأسواق، والوحدات العسكرية، ودور العبادة، واستمرت هذه الجهود لمدة عام ونصف، محققة نجاحًا كبيرًا في الحد من انتشار الفيروس.

إلى جانب ذلك، افتتحت الهيئة ورشًا متخصصة لصناعة الكمامات والأقنعة في عدد من مديرياتها، ومنها مديرية الإعلام، التي لعبت دورًا مهمًا في بث برامج توعوية وإرشادية بالتعاون مع وزارة الصحة ومديرية طبابة الحشد، لتعزيز الوعي المجتمعي حول سبل الوقاية من الفيروس.